派遣社員の通勤費控除の方法について

以前、フルタイムの派遣社員として、ある出版社で月曜から金曜まで働いていたことがあります。契約の際に派遣会社に提示された金額は「交通費込み」の時給ということで、それは納得したのですが、給与明細書上に通勤定期代の額が明記されていないために控除されず、所得と見なされて課税対象になってしまうことに後で気がつきました。
派遣会社側では、派遣社員によってそれぞれ違う額の交通費を申告してもらって管理するつもりはまったくないようです。当時のわたしにとっては、月給の1割に相当する額だったので、通勤定期代は安くはありませんでした。
正社員であっても、派遣社員であっても、毎日会社に通勤している以上、通勤費用は収入を得るために必要な経費のはずですが、現在の仕組みでは、どのようにしたら確定申告の際に還付を申告できるのか教えてください。