テレワークでは時間外は認められないか?

ご質問ありがとうございます。
埼玉県のブレイン・トータル・プランナーの舘野です。

そもそも、残業というものは、会社から命令されたり、申請し認められた場合に発生し、当然に手当てが支給されます。従いまして、テレワークであろうが、同じ対応をしていれば会社側は支給しなければなりません。御相談者様の御勤務先は、今日の労働者に対する管理が相当甘いようですから、実態とかけ離れた時間外労働を無視しているだけです。
もし、労働基準監督署に知れた時には、おそらく調査が入り、業務の見直し命令が発せられるでしょう。

また、通勤時間は通常であれば、労働時間とはなりませんから、始業時間と終業時間を守っていれば、通勤時間を不要時間であるとの見解も問題があります。その論理が通るのであれば、すべての社員の通勤時間を平等にし、その時間を除いた時間を正規の労働時間とし、他は残業とするならば、その分の残業をテレワーク以外では支給しなければならないという事が成り立ちます。

最後にご相談者様のお勤め先は、36協定を締結し、所轄の労働基準監督署へ届出されていると思います。もし、提出されていないとすれば法律違反です。36協定でも時間外労働には「月45時間・年間360時間」の上限が定められていますので、この法律内で納める為にも月25時間で申請させているとすれば、噴飯ものであり、法律以前の問題であると考えます。

「通勤の時間が往復で不要になっている分を考慮すると時間外は発生する余地がない。したがって申請されても認可できない。」という総務の回答が異次元過ぎてびっくりしました。逆に、「通勤の時間が往復で必要になっている分を考慮すると時間外は発生する余地がある？」通勤時間も時間外の対象だったのですか？と聞いていみたいですが・・・
さて、本題ですが、テレワークに限らず労働時間については、使用者側が把握しなければなりません。
時間外も承認制を採用していいても実際の業務量が残業せざるを得ない場合は残業しなさいと使用者側が暗黙の指示（黙認）していると判断され、残業手当を支払いなさいという判例もあります。
電気メーカー勤務でテレワークということは、かなりな大企業にも思いますが、労務管理の整備はされていないのでしょうか？
テレワーク導入に際して、労使協定または規定整備など。
参考までに、下記をご確認下さい。
テレワークに関しての相談窓口もあります。
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/roudoukijun/shigoto/how_to_telework.html