確定申告は自分でやった方がいいかどうか

ご質問いただき、ありがとうございます。
会社を経営されていらっしゃるとのことですが、会社は法人ですか？そうすると、法人税の計算は所得税の計算とは異なるので、面倒だと思います。また、税務署から何度も指摘されるのでしたら、一度は申告だけでも税理士に依頼する方がいいでしょう。おそらく、税務署から目を付けられていると思いますので、計算の流れや記載方法を学び、今後に活かす方がいいと思います。
もし、それが無理でしたら、ご地元の法人会に加入されるなどして、税理士に見てもらえる機会を作る必要があると思います。
法人税は、「益金不算入」「損金不算入」という項目があり、何が対象なのかの判断や、申告書にどう記載するのかが分かりにくいです。だからこそ、一度は、税のプロである税理士に教わる必要があると言えます。
何度も税務署に呼び出されて、あれこれ指摘を受けるのは、時間の無駄であり、会社の大きな損失だと思います。申告にお金を払いたくない気持ちは分かりますが、そういうことが続くなら、一度は税理士に依頼し、同時に申告書の書き方なども教えてもらうべきです。