預金はメガバンクがいいのか？

メガバンクに預金する大きなメリットは、店舗やATMなどが多いので出し入れがしやすく、比較的利便性が高いということではないでしょうか。
各金融機関の金利につきましては、金利比較サイト等で確認されればよいと思いますが、正直たいした違いはありません。
何かの条件を満たすことで金利が高くなる金融機関もあるかとは思いますが、仮に0.1％の「高金利」であっても、100万円を1年間預けて利息はたったの1,000円（税引後800円ほど）です。
ご相談者さまが地元の信用金庫に預金をされていて、利便性に特段の問題がないのであれば、それで十分にメリットがあるかと思います。
なお、もし今後地元で起業されることなどをお考えなら、メインバンクを信用金庫にしておかれるのはよいことかもしれませんね。
普段から浪費されることなく、預金口座の残高が着実に増えているような状況であれば、文字通り一定の「信用」が積み重ねられているはずです。
事業のためにお金を借りることになったときには、相談にのってもらいやすいかと思います。
メガバンクだと、よほどの規模の企業でない限り、話など聞いてもらえないでしょうからね。
預金金利の高低は、全く気にする必要はありません。
メインバンクをどの金融機関にするのかは、総合的にご判断ください。