個人事業をやっているがその経費の計上が分からない。

自宅を事務所として利用している個人の場合、家賃や水道光熱費、通信費など生活として使用した分と事業として使用した分を分けることによって事業として使用した部分については経費にすることが可能です。
按分の仕方は費用によっても異なりますが、例えば家賃の場合全体の床面積のうち事業用に使っている面積割合を計算する、水道光熱費の場合は使用時間や使用日数を目安に按分するなど明確に分けることは難しいですが、将来的に税務調査などが実施された場合に調査担当者を納得させることができる合理的な計算と説明が必要になってきます。
次に会計ソフトについてですが、無料で使えるソフトもたくさんありますのでインターネットなどで検索し、いくつかのソフトを実際にご自身で操作してみて使いやすそうなものをお選びになるのがよいのではないでしょうか。
最後に税理士への相談ですが、私の事務所もそうですが、相談無料の税理士事務所もありますし、ほとんどの区役所や税理士会でも無料相談会を実施していますので、HP等で調べて一度相談されると良いと思います。