私の仕事の悩みについて

疑問を解消するためには、じっくりと時間をかけて、いくつかの段階を踏む必要があります。
まず、ご相談者さまのお仕事内容がどのようなものであるのか文面からはわかりかねますが、少なくともご勤務先からの指示で残業されているのであれば、残業を指示した上司の方などに確認されればよいだけです。何の後ろめたさも感じられる必要はないでしょう。
指示通りの時間分の残業手当が加算されていないのであれば、すぐに訂正してくれるはずです。単純な計算間違いということもありますから。
一方で、明確な残業の指示がない場合はどうでしょうか。
本来は、所定の勤務時間内に業務を終わらせる必要があります。ご相談者さまは決してそんなことはないと思いますが、極端な話、労働者に悪意があれば、故意にダラダラと仕事をして残業手当の支給を受けるということもまかり通ってしまいますから。
ですからまずは、現在一所懸命お仕事をなさっている中でもさらに無駄を省いて効率よくできないかを徹底的に考え、是が非でも所定の勤務時間内に業務を終わらせる工夫と努力をしましょう。
その上で、どうしても所定の時間内に終えることができない仕事量なのであれば、その旨を上司に相談してください。残業を認めてもらえるか、仕事量を減らしてもらえるか、何らかの対応をとってもらえるかと思います。
いずれにせよ、がんばってお仕事をされている姿勢は、必ず上司が見てくれています。
昇給やボーナス増という目に見える形で評価されるかもしれませんし、そうなれば残業手当が加算されるよりもトータルでは収入が増えるかもしれません。
それに何よりも、テキパキと効率よく仕事をできるようになると楽しいものですし、残業が少なくなれば、自分の時間がその分増えることにもなって余裕が生まれます。いいことづくめですよ。
今抱かれている疑問をきっかけに、ぜひお仕事の進め方を見直してみてください。