4〜6月は残業しないほうがいいの？

ご質問について、質問者様がおっしゃる通り、原則として、健康保険および厚生年金保険の保険料は、4月から6月までの3ヶ月間の報酬月額によって標準報酬月額が決定され、この標準報酬月額に基づいて、9月から翌年8月までの1年間に渡って計算された各種保険料が給与などから天引きされることになります。

参考：日本年金機構　定時決定（算定基礎届）
https://www.nenkin.go.jp/service/kounen/hokenryo/hoshu/20121017.html

いわゆる「算定基礎届」によって、健康保険や厚生年金保険料が決定されることになりますが、前述した内容を踏まえまして、それぞれの質問に回答をしていきます。

Ｑ．長期的なスパンで見たらどうなんでしょうか？

Ａ．率直なところ、質問内容を全体的に見た時、質問者様の勤務先では、故意に所得を減らすことができるのに驚きました。

ただ、回答者（私）としては、質問者様が記載されておりますように、「その辺のことは気にしないでバリバリ働く」方向で良いと考えます。

この理由は、質問者様の場合、これまで通り働くことで所得が維持され、故意に減らすことで所得が減ってしまうことを自覚しているためです。

また、標準報酬月額が高いということは、健康保険や厚生年金保険から受けられる公的保障が厚くなるだけでなく、将来支給される公的年金の年金額（老齢厚生年金）も増加することにつながります。

たとえば、健康保険から支給される「傷病手当金」、「出産手当金」などの金額にプラスの影響を与えることにつながり、厚生年金保険の場合、すでに回答をした老齢厚生年金に加え、「障害厚生年金」、「遺族厚生年金」の年金額にもプラスの影響を与えることになります。

このようなことから、長期的なスパンで見た時、これまで通り働いていただき、深く考えない方が望ましいと考えます。

最後に、ご自身の将来にとって大きく影響を与えることが十分考えられる質問ですので、決して恥じる必要はありません。

むしろ、目先の部分だけを考えて、将来的に得られるプラスの効果を知らないままにしておく方が恥じるべきことだとすら思います。