確定申告の手続きがわかりづらかったです。

ご質問ありがとうございます。
埼玉県のブレイン・トータル・プランナーの舘野です。
文面から判断しますと、現在は個人事業主として収入を得ており、事業も成功されているとお見受けいたします。
確かに、お勤めの場合は特別徴収といいまして、勤め先が給与の支払い者として各自の所得税を計算し給料から源泉後納税してくれています。従いまして控除に関する知識や税に関する関心が低いと思われます。しかし，源泉徴収票程度の理解があれば納税額を把握することは以外と簡単です。
納税額の把握は以下のとおりです。
1.収入（売上）−経費（仕入れ等）−その他経費（社会保険料、消耗品費等）＝所得　
　社会保険料は収入の15％程度であり、消耗品費等は売上を得るために使われた経費となります。
2.所得−税額控除（基礎控除等）＝課税総所得
　基礎控除等は基礎控除48万円は納税者であれば必ず控除できる金額であり、他に税制で定められ
　ている控除を言います（例雑損控除、医療費控除、生命保険控除等）。最近では小規模企業共済等　掛金控除としてiDeCoを個人事業主が対象としているケースが多いです。
3.課税総所得掛×所得税率＝所得税
ご理解いただくために、ここで詳細にお書きしますと、相当な量が必要となりますので割愛させて頂きますが、例えば会計ソフトの「弥生の確定青色申告」を使用すれば、経理や会計の知識が無くても伝票の仕訳を自動で行ってくれますし、青色申告書も作成してくれますので便利です。
他に住民税の課税総所得を計算して住民税額を把握しますが、住民税は地方税ですから、それぞれの区市町村によって納税額（課税所得額の概ね10％）は変わります。