確定申告を個人でするのと会社でするのとでは違いがあるのか？

　まず、基本的に勤務先による年末調整とご自身で確定申告した場合の納税額の違いは、基本的には生じることはありません。
勤務先では、原則として一定の給与支払いがあり、源泉徴収を行い年末調整を行うことが義務とされています。従業員にとっては、寝末調整によって確定申告が不要になるメリットがあります。デメリットは特にないと考えてよいと思います（手間で言うと、年末調整の書類作成より、確定申告書の作成の方がより手間がかかります）。

　しかし、年末調整の対象外である、医療費控除やふるさと納税などの寄付金控除の適用を受けた場合、年末調整で納税した所得税の一部が確定申告することによって還付を受けることができます（ふるさと納税の一部は年末調整で手続きを完結できるものもあります）。

　また、投資用不動産など、損益通算対象の所得が赤字になった場合も還付を受けることができます。

　一方、副業などで給与以外に一定の所得がある場合（源泉ありの特定口座で申告不要を選択した場合等を除く）は、確定申告が必要になります。

　なお、個人事業者として、青色申告の手続きを行った場合、
①事業所得で赤字になった場合、翌年以降3年間にわたって繰越すことができる。
②青色申告特別控除の適用が受けられる（最低10万円、最高65万円）。
③配偶者や親族を届出することによって支払った給与の全額を必要経費に計上できる。
　などのメリットがあります（ここでは法人の青色申告は割愛します）。
　一方デメリットは、帳簿の作成と確定申告時に財務諸表の提出が必要であることで、帳簿は7年間保存する義務があります。

　参考にして頂ければと思います。