税金対策の根本

ご主人と一緒に会社を経営しているという事ですが、販売業、サービス業、モノつくりなどいろいろな業種があり、経費に認められる項目は、それぞれに種類があります。
経費として認められない項目があるとのことですが、会社の経費と家計の区分けのことが多いのではないでしょうか。
会社が自宅と同じ場合は、経費と家計費を分けにくい場合が多いとは思われますが、やはり会社に関係する費用と家計費ははっきり区別して、現金や預貯金も分けることが原則です。
もし、そのようにしている場合で会社の経費でないと指摘を受けるのは、家事関連の案分費用ではないでしょうか。
家賃、光熱費、通信費、パソコン関連費、自動車関連費、消耗品費、損害保険料などは、支払いは家計で一括支払うことが多いと思われます。全額を会社の経費で処理をすると当然指摘を受けることになります。
従って、このような費用は家計費と会社での使用の比率を正しく決めて、費用として計算すれば良いのではないでしょうか。これらをすべて会社の費用とすると指摘を受けますので、実状に合わせて案分することが大切です。光熱費は20％が会社、80％は家計、通信費は50％ずつなどと使用実態に合わせて案分することで解決できるのではないでしょうか。配分の根拠を明確にしておくことも大切です。一度決めてそれで良ければ、その後の比率は、継続できると思われます。
また、経費の分類が良くわからないとのことですが、書店で個人事業や税金の本がありますから、読み易そうな本を1冊買ってひと通り読んで、後は必要な時に確認するようにされたらいかがでしょうか。　パソコン・スマホで検索しても分かることも多いです。