障害者控除を人に知らせず受ける方法について。

ご質問ありがとうございます。
埼玉県のブレイン・トータル・プランナーの舘野です。
改正個人情報保護法では、機微情報（センシティブ情報）について、要配慮個人情報と定められていますので、人事部の給与担当者から他の者に知れることは無いと考えます。また、本件でご主人様の仕事に影響が出るような事は無いと言えるでしょう。但し、年末調整において扶養控除等申告書に対象者氏名、障害の程度（障害等級）交付を受けている手帳の種類と交付年月日を記載しなければなりませんから、御質問者様としては気掛かりなことですね。
それでは、毎年確定申告をすれば同様な効果が生まれますが、住民税が減額となりますので、その情報は特別徴収先である会社に情報として通知されます。しかし、あくまで源泉をしてもらう徴収額の情報だけですから、わざわざ勤務先から減額になった詳細を確認するようなことは無いと思います。
それでも、気になされるのであれば、税金は還付請求が可能となりますから、御質問者様が記載されているように5年間迄は遡って請求する事が可能です。2年経過後の還付であれば、住民税額にも影響がありませんから、勤務先に連絡が入るようなことはまず無いでしょう。少し面倒ですが、前年度の所得から計算された住民税が支払い完了となった後に、還付申請をする方法が最も知られずに済むと考えます。還付の方法や計算は税務署の職員に聞かれるか税理士に依頼されれば、正しい還付請求が出来ます。