工場の相続に関して

ご質問ありがとうございます。
まず相続税がかかるのは、3000万円＋600万円×相続人の数です。もし質問者様と弟様とお母様がいらっしゃるなら、現金・会社・持ち家・金融商品（保険は除く）などが4800万円までの財産ならば、相続税はかからないことになります。
株式会社の場合は、まず会社の持ち分比率によります。会社を相続するというよりは、会社の株を相続するという形になります。お父様が所有する会社の株数を承継するという形になります。
非上場会社の株式の評価の仕方は少し複雑なので、ある程度割愛しますが、会社の規模や同業種の上場株式との比較で決められます。
問題は、お父様の会社で働く質問者様にも働いていない弟さんにも等しく会社の株を相続する権利があることです。
他の財産とも平等に分けないといけないので、持ち家を誰にするか、現金をどう分けるかという問題も起こります。質問者様が会社を相続する分、他の財産は弟さんに多めに相続するということになってしまいます。
そうならないためには、お父様から株式を生前贈与で事業承継するか、遺言によって亡くなってから質問者様に株式を全て相続させることを明記するか、最近では生前に所有権を移転する家族信託という方法もあります。