iDeCoでの運用について

<現状>
私:50歳代半ば・正社員、妻:50歳代前半・パート、子供:小学生
世帯年収:約700万円(私:600万円、妻:100万円)、ローンなし、持ち家あり
貯蓄:約1500万円(銀行預金)
会社でiDeCo(個人型確定拠出年金)の導入が許可されたため、子供の教育費用と老後資金のためiDeCoを申し込むことを検討しています。ただ、iDeCoは運用手数料などの経費を別途徴収されると聞いています。もし、元本保証で運用されるiDeCoであった場合、手数料などにより結局は元本割れになるような商品もあるのでしょうか? 注意点をお教えください。また、iDeCoに投入する資金は企業型の確定拠出年金と同様に税金控除の対象になるのでしょうか?