株式譲渡に関する介護保険料、後期高齢者医療保険料について

ご質問ありがとうございます。
埼玉県のブレイン・トータル・プランナーの舘野です。
平成29年度の税制改正により、上場株式等の各所得等について、所得税では分離課税、住民税では申告不要とするなどの異なる課税方式を選択できるようになりました。しかし、この制度の対象は、個人住民税が特別徴収されている源泉徴収ありの特定口座内で取引される上場株式等の譲渡所得等に限られています。また、同一の源泉徴収ありの特定口座内での損益通算は可能です。
続いて、御質問者様が書かれているとおり、①合計所得金額②総所得金額③総所得金額等はそれぞれ税法上で少しずつ違いがあります。
①はa総合所得（配当所得や不動産所得、事業所得、雑所得等の合計した金額）+b分離所得（土地建物、株式の配当や譲渡等の合計した金額）から損益通算引いた後の所得金額です。
②はa総所得から損益通算と繰越控除を差し引いた後の総所得金額です（分離課税所得は含みません）
③は①+②の合算が総所得金額等です。
ご質問にお答えするとすれば、①と②が介護保険料並びに後期高齢者医療保険料に影響があると言えます。つまり、①よりも③の方が控除額が多くなりますので、保険料の基礎となる所得の減少影響があるという事になります。
国民健康保険税は、各自治体によって課税方式が異なりますので、詳細は該当の自治体の保険課に連絡をされ確認願います。