確定申告を遡って訂正したい

ご質問の件について、所得税の還付申告は「5年前」まで遡って行うことができるとされています。

以下、国税庁の解説を一部引用して紹介します。

確定申告書を提出する義務のない人でも、給与等から源泉徴収された所得税額や予定納税をした所得税額が年間の所得金額について計算した所得税額よりも多いときは、確定申告をすることによって、納め過ぎの所得税の還付を受けることができます。この申告を還付申告といいます。還付申告書は、確定申告期間とは関係なく、その年の翌年1月1日から5年間提出することができます。

出典：国税庁　No.2030 還付申告　1 還付申告とはより一部引用
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2030.htm

ただし、今回の質問の場合、1点重要な注意点があり、還付申告をしたいお父様が、すでに確定申告をしているところにあります。

今回のお父様のように、一度、確定申告を行っている人が所得税の還付を受ける手続きを行う場合、還付申告ではなく「更正の請求」という手続きをしなければなりません。

参考：国税庁　［手続名］所得税及び復興特別所得税の更正の請求手続
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/shinkoku/annai/01.htm

そのため、税務署へ提出する書類も確定申告書ではなく、「更正の請求書」になりますので、こちらは間違えないように注意が必要です。

なお、更正の請求書や書き方につきましては、先に紹介した国税庁のリンクページにありますので、そちらを参照してください。

ちなみに、所得税の還付申告または更正の請求を行った場合、住民税にも影響を及ぼすことになります。

具体的には、お住いの市区町村によって対応方法が異なっている場合が見受けられ、仮に、住民税の再計算を行った結果、住民税を納めすぎていることが判明した場合、後日、お住いの市区町村から郵送で還付するための必要書類等が自宅へ送付されるケースもあります。

そのため、住民税の取り扱いにつきましては、還付申告または更正の請求を終えた後にでも、直接担当課へお聞きになり、確認されるのが確実だと言えるでしょう。