返済の方法について

ご質問ありがとうございます。すでに2回の繰り上げ返済をなさっているのは、素晴らしいことです。
現状でも住宅ローンを繰上げ返済する貯えがあるけれども使途として、「繰り上げ返済」「教育費」「老後資金」のどれが最適なのか迷っておられますね。
まず、「期間短縮型の繰り上げ返済」は優先順位が低いと考えます。理由は、質問から現状で定年退職と同時期に住宅ローンが終了すると推測できるからです。退職金も温存できるとおっしゃっています。そのため「貯え」について、まずは今後増えていく教育費の資金することをおすすめします。
教育費がどのくらいかかるのが負担感を知るために、統計をご紹介します。文部科学省「平成30年度子供の学習費調査の結果について」によると、中学高校の学費（年間）は次の通りです。

公立中学校　48万8397円
私立中学校　140万6433円
公立高等学校(全日制)　45万7380円
私立中学校　96万9911円
※塾費用や通学費用なども含めた年間の平均額です
私立大学の学費は学部により差がありますが、「私立大学等の平成30年度入学者に係る学生納付金等調査結果について」によると初年度の学費は約133.6万円です。4年間の合計額は450万円程度と考えるといいでしょう。
この金額をご覧いただき、現在の収入で教育費が賄えるのか、仮に賄えない場合はどの程度貯蓄を削ることになるのかご自身で試算してみてください。

仮に教育費が思ったよりもかからなかった場合、「貯え」は老後資金に流用することを検討しましょう。それでもまだ「貯え」に余裕があるようであれば、「返済額軽減型」の繰り上げ返済をするといいでしょう。教育費が増える時期に、住宅ローンの負担を減らすことができれば合理的だからです。
まとめますと「貯え」の優先順位は、「教育費」→「老後資金」→「（返済額軽減型の）繰り上げ返済」かと思います。それぞれの必要額をイメージしながら、「貯え」の支出先を決めていってください。
本回答が、お役に立てば幸いです。