40代　頭金500万のマイホームの予算

首都圏でお住まいをお探しなのですね。おっしゃる通り物件価格はかなり高くなっています。
いろんな角度から可能性を探ってみたいと思います。
まず前提条件として60歳までのローンとのことですが、16年の期間ではかなり短いので、雇用延長もあると考え、20年で試算してみます。
1.現状家賃から見た場合
家賃+駐車場で6万円なので月々6万円の返済とし、金利1％とした場合、借入れ可能額は1300万円、頭金500万円をプラスして購入可能額は1800万円となります。さらに購入時に諸経費が新築7％、中古で10％程度は必要なので、ご希望には届かない結果となりました。
3,500万円の物件を購入するとした場合、3000万のローンを組むと月々13.8万円の返済額となります。今までの家賃負担分以外に7万円の追加負担が発生します。これ以外に購入時諸費用やマンションなら管理費等の負担が月1〜2万円必要となります。頭金以外に月々8万円程度の貯蓄をされているようでしたら可能性が出てきますが、いかがでしょうか。
2.年収から見た場合
住宅ローンの年間負担金額は年収の25％以内、できれば25％を超えないようにするのが良いと言われています。650万円の25％として162.5万円が上限となります。この負担額で試算すると借入れ限度額が約2900万円、頭金をプラスすると約3400万円とかなり理想に近づきます。但し、それぞれの家庭によって家計状況が違うので、教育費や生活費も含めて検討する必要があります。
3.今後の必要家計費から見た場合
小学生のお子様がお二人いらっしゃるので、今後教育費が膨らんできます。私立文系大学の例として平均で約400万円の教育費が必要となります。月に直すと約8万円の負担、二人同時に大学に通う期間があるとすると月約16万円の負担となります。上記住宅ローンにプラスして約16万円を負担する時期があるので、教育費としての貯蓄がないとかなり苦しくなりそうです。
頭金以外の貯蓄状況がわからなかったので、大雑把に試算してみましたがいかがでしょうか。
首都圏でファミリータイプが家賃5万円ということは会社補助があるのではと推測します。マイホームを購入した後も手厚い補助があれば良いのですが、大半の会社はあっても住宅手当だけになりかなり補助は減少します。定年まで最大限会社の補助の恩恵にあやかり、その間貯蓄する、また、もし可能であればご夫婦それぞれのご両親から住宅資金援助を受けるという方法もあります。住宅資金贈与を受けた場合に一定金額までは贈与税がかからないという制度があるので、可能性があるようならご相談してみることもご検討下さい。