会社でなんとなく税金は払っているがよくわかっていません

ご質問についてお答えいたします。会社員としてお勤めの場合は給与から所得税が差し引かれます。給与所得を元に計算が行われていることになります。そして、1年間の所得を元に翌年6月からの1年間の住民税の額も決まる仕組みです。会社員として勤務されている間は、税金の計算は会社が給与の計算とともに行ってくれるため、滞納するということはあまりないかと考えられます。
節税方法はいくつかあり、各種控除制度があります。ほんの一例ですが、医療費が10万円以上（原則）かかった場合の医療費控除、生命保険料を支払った場合の生命保険料控除、確定拠出年金の掛金を拠出した際の小規模企業共済等掛金控除など、控除を受ければ税金の計算対象となる所得が減り、結果、税金を安くすることも可能です。他にも数多くの控除がありますが、何が控除の対象になるか把握されるところから節税が始まります。
会社員の場合、毎年会社で行われる年末調整で所得税額が確定します。確定申告でないと受けられない控除がない限り、確定申告する機会も少ないでしょう。
しかし、独立されて個人事業をされると1年間の所得について翌年2月16日～3月15日まで（今年はコロナの影響で延長）に税務署に確定申告を行う必要があります。会社員時代のように会社で所得を計算してくれるわけではないからです。
税金の納付が難しい場合は税務署等にご相談ください。税務署等からお知らせが来て何もせず放置することはいけません。