株式売買の税金還付について

<現状>
私:50歳半ば・会社員、妻:50歳前半・パート、子供:小学校中学年
義理の母:70歳代・無職・年金および株式投資の収入あり
義理の母が株式を運用しており、年金以外に特定口座で配当金や株式売買利益を得ています。年によって金額は大きく異なり、マイナスになる年もありますが、おおよそ百万円レベルです。これらの収入について確定申告をすれば特定口座で支払った税金が還付されると思いますが、そうなると所得に応じて金額が設定される国民健康保険料や役所から交付される高齢者向けのバスなどのフリーパスもなくなる可能性があります。それを回避するため、役所に書類を出せばよい旨、お聞きしたことがありますが具体的にどのようなものをいつ提出するのかお教えいただけると助かります。