副業の際の税金の納め方が不明

確定申告についてのご質問ですね。かなり迷っておられる様子ですので、スムーズに準備に取り掛かれるよう、概要を説明させていただきます。

まず、確定申告は前年の収支を明らかにして、翌年の2～3月に適切な税金を納める（もしくは還付を受ける）ための制度です。最初にメリットをお伝えます。

一般的なメリットは、収入から必要経費を差し引いた金額が課税対象となるので、納税額を抑えることができることです。相談者様の場合、副業による原稿料からすでに源泉徴収税（※）が引かれていれば、還付金を受け取れる可能性も高いです。
※原稿などの源泉徴収税は「10.21％（報酬が100万円以下の場合）」なので、実際に支払う所得税以上の税金を納めていると考えられる
次に、確定申告を行うための準備を紹介します。日々の収支の積み重ねを報告するものですので、まずは下記の2点を準備します。

1収入額が分かる書類
副業にかかる契約書や発注書、もしくは納品書や支払い明細など
2必要経費が分かる書類
執筆のための資料や書籍を購入した場合の領収書や、取材の際の交通費の記録など

上記の書類をもとに記帳をしていきます。記帳とは取引年月日、売上先・仕入先の名称、金額、必要経費の金額などを記録するものです。白色申告の記帳は日々の合計金額をまとめて記載するなど、簡易な方法でも問題ありません。エクセルなどを使ってご自身で記載してもいいですし、オンライン記帳ソフトを利用する方法もあります。白色申告なら無料で利用できる記帳ソフトもあります。
今年の収入ならば、白色申告で十分かと思います。青色申告ですと最高55万円の青色申告特別控除がありますが、複写式の記帳が必要ですので、帳簿作成の手間がやや大きいです。来年以降、さらに収入が増えそうなときは青色申告を検討してください。

どんな方向性で、何を準備すべきかを紹介しました。
まずは収入と必要経費を明らかにして、金額が確定したら、その数字を確定申告書に記載します。確定申告書の書き方に疑問が生じたら、税務署へ電話しても回答が得られますし、国税庁HPの確定申告コーナーにも情報が豊富に掲載されています。
初年度が一番大変かと思いますが、2年目以降はぐっと楽になるはずです。無事に確定申告が終わることを祈念しております。