会社員だけど経費が多いように思います。

こんにちは。ご質問ありがとうございます。
お書きのとおり会社員の方には「給与所得控除」という概算経費を差し引ける仕組みがあります。
他にも「特定支出控除」という経費を差し引く方法もあります。
但し、この「特定支出控除」で差し引けるのは
・通勤費
・職務上の旅費
・転勤に伴う転居費
・単身赴任の場合の帰宅旅費
・研修費
・資格取得費
・勤務必要経費（図書費・衣服費・交際費）年間65万円まで
などとなっています。
配偶者様ですと「勤務必要経費」あたりであると当てはまるかもしれません。
「特定支出」の合計額が給与所得控除の2分の1を超えるときは、その超える部分の金額を給与所得控除後の金額からさらに差し引けます。
配偶者様の場合、給与所得控除は195万円ですので「特定支出」が975,000円を超えるときはその超えた金額が差し引けることになります。
ただ「特定支出」は勤務先が証明してくれたものに限られるという点に注意が必要です。
会社を立ち上げるということについてですが、例えば会社ではなく「副業」で個人事業を始められてその個人事業が赤字であれば給与所得から赤字を差し引くことはできます。
この場合「健康保険」や「厚生年金保険」は元の会社の方で加入されたままということになりますので相談者様は現在の状態が続きます。