住宅ローン減税について

1昨年末の住宅ローン控除の確定申告で還付額がローン残の１％に満たないとのことですが、住宅ローン残はいくらでしたか。一般住宅の住宅ローン控除の上限は4000万円ですから、仮にローン残が4500万円の場合は、40万円（4000万円×0.01）になります。

また、優良住宅の場合は上限が5000万円になりますから、該当しないか確認をしてはいかがでしょうか。その他にも所得制限などもありますから、どうしても納得できない場合は、税務署に行って確認をするのが良いでしょう。

2年目の年末調整の際の書類は提出しましたでしょうか。10月末頃に、税務署から「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」（9枚又は12枚）他が届いた筈です。そのうちの2020年分と、銀行から送られてきた「ローン残高証明書」を添付して年末調整書類を記入して、会社に提出することで、昨年末に還付（給料に加算）があった筈です。
給料明細に還付の記載がなければ、会社の総務部門か税務署に確認をすることが必要です。

また、所得税に住宅ローン控除が適用されると、住民税（市民税含む）は自動的に計算されますので、あなたの市役所から届いた書類の内容は分かりませんが、住宅取得に関する別のことではないでしょうか。